ボーダーコリーは，一般的には頑健で長生きする犬種グループに入ります．しかし，当然のことですが，ペットの飼い主はその健康の維持に全面的な責任があります．他の犬種と同様，食欲や大小便の状態，機嫌や動き方の他，息，舌，耳，目，コート，爪やパッド，尾の下側などの身体各部の状態を常日頃から観察するように心がけましょう．また，主治医となる獣医，セカンドオピニオンの貰える獣医と，日ごろから親しくしておくと良いと思います．よく相談に乗ってくれて，処置についてきちんと説明してくれる，飼い主の疑問にはきちんと答えてくれる獣医を探しましょう．
ここでは，遺伝性疾患についてまとめました．できるだけ正確な情報にしたいと思ってますので，以下の内容に誤りや疑わしい箇所を発見されましたらFBCCまでご一報下さい．
他の中大型犬と同じように，ボーダーコリーにも股関節形成不全（Canine Hip Dysplasia, CHD）になりやすい傾向があります．腰部（ヒップ）の関節の奇形であり，ボールとソケット部がしっかりと結合していない状態になります．したがって，運動の最中にそれらが滑ることで，まずジョイント部が平らになり，年を経るに連れ，でこぼこになってしまいます（一度ジョイント部が平らになると２度と正常にフィットしません）．
CHDは軽症あるいは重症の動作困難を引き起こします．発病原因の70%が遺伝的要因，30%が後天的な環境的要因であるといわれています．
一般的には子犬の間は明らかな症状は現われませんが，生後数ヶ月で発症する事もあり，多くは2歳までに何らかの症状を出します．犬が中年に近づくに連れ，CHDの兆候が軽い関節炎のような形で現われてきます．例えばびっこを引いたり，激しい運動の後や休息から起き上がろうとするときに辛そうにしたりします．進行すると歩いたりトロットしたりするときに関節が鳴るような音がすることもあります．軽症のうちは，少し動き回ったりストレッチをしたりすると，楽になったように見えますが，年を取るにしたがって症状は悪化していきます．犬の状態（年齢，活動レベル）と飼い主の状態（経済状態，リハビリにどの程度付き合えるか，またその意志があるか）によって，その治療方法は，単なる痛みの対症療法（薬，運動，休養）からいくつかの外科的治療の選択（腰部の手術も含みます）まで，さまざまです．
HDの兆候のある子犬は，ウェイトコントロール（栄養過多にならないよう，フードを推奨量の2/3から3/4に落とすべき）と激しい運動を避けることが必要になります．
最近の研究ではHDの遺伝的素因を持つ子に，発症のスイッチを入れる重要なファクターとして，「成長期の栄養過剰」があるという事が定説になりつつあります．つまり、HDを起こす可能性の高い犬種は痩せ気味の子犬として育てなさい、と言う事です．ただし，遺伝の形態は複雑で，危険度の低い両親のもとでは，発病の確率は確実に低くなりますが，まれに危険度の高い子犬が生まれることもあります．
子犬（通常６〜12ヵ月）の関節部に起こり，びっこの原因になることもあります．関節部の変形に起因する疾病であり，栄養の採り過ぎや成長の速すぎることが原因とされています．安静にするか，あるいは変形した長骨（大たい骨やけい骨）の整形手術によって治療しますが，場合によっては股関節の全置換術（人工関節）が施されることもあります．
普通は観察と症状で当たりをつけ，レントゲンで確定診断を下します．
進行性網膜萎縮（PRA）と中枢性網膜萎縮（CPRA）は目の疾患です．PRAは２才前後の犬に見られます．最初にこの疾病が遺伝的疾患として確認されたのはアイリッシュセッターでした．発症時には夜盲（鳥目）の症状が現れ，８年程の時間をかけてゆっくりと全盲へと進行します．ブリード用の犬はすべて獣眼科医師のチェックを受けるべきです．
コリーアイ（CEA）は，ボーダコリーの間で広がりつつあるもう一つの目の疾患です（ただし，日本ではまだ非常に稀な疾患です）．劣性遺伝すると言われていますが，正確にはよくわかっていません．PRAと同様に全盲に至ることがあります．
症状は、
繁殖で安全を期す場合は，６〜10週間の同胎の幼犬すべてを，資格を持った獣医眼科医の手でテストしてもらう必要があります．他の遺伝的疾患にも言えることですが，先祖に発病例が無かったからといって100％安全というわけではありません．あるラインでは，12世代もの間テストを実施してきてその兆候が無かったラインでも，突然発病が見られた例もあるそうです．ある犬が発病したとすると，同胎の兄弟犬はテストをクリアしていても3/4の確率でその因子を持っているとされています．
ボーダーコリーにはてんかんになりやすい体質もあります．てんかんは神経システムの発作的な混乱から生じ，非常に危険な症状を呈します．症状は，人間のてんかんと同じで急に体を硬直させたり，全身に強い痙攣が出てそれが数分から数十分続きます．てんかんが起こっていない時は全く異常がありません．
てんかん発作は薬でコントロールできますが，稀にできない場合もあり，その時は死に至るとこもあります．現在のところ，有効なテスト方法はありません．あらゆるてんかんの兆候が無いかどうか，ブリーダーに聞いてみて下さい．モラルの高い良心的なブリーダーなら喜んで相談に応じてくれるはずです．
脳細胞に影響を与える，現在のところ非常に稀な疾病です（確率1/1800以下）．セロイド・リポフスチンと呼ばれるワックス状の老廃物が，分解酵素の欠如により細胞に蓄積する一種の代謝異常が原因です．この因子は劣性遺伝するため，
ボーダーコリーには先天的な聴覚障害が見られることがあり，繁殖用の犬（breeding stock）と幼犬に聴覚テスト（BEAR）を実施するブリーダーが増えています．
ボーダーコリーではかなり稀ですが，非常に重大な疾病です．典型的な兆候として，短い（5〜10分ほど）運動の後にふらつくことがあります．そのまま走らせ続けると完全に倒れてしまいます．極端な高熱に襲われ，気温が低くても平熱に戻るのに長い時間を要します．
骨格筋の異常（代謝亢進）で起こる異常と言われていますが，何故起こるのかは正確には判っていません．運動やストレス，吸入麻酔やある種の薬剤などが引き金になる事が多いようです．熱があまりにも高い場合は，卒中や脳溢血を伴い，死に至ることさえあります．この疾病を持った犬は，運動を慎重に制限し，監視する必要があります．
対症療法としては，酸素吸入，静脈点滴，体を冷やす，ステロイド剤の投与などがあります．人間には，ダントロレンナトリウムという注射があるようですが，犬での薬用量は確立されていません．
体脂肪率が低いため，バルビツール系の麻酔薬に過敏なことがあります．手術や麻酔が必要な時には，獣医師と相談すべき事項です．特に疾患と言うよりは，体質的なものと考えた方がいいでしょう．